Nonostante le grandi proteste dei tifosi dell'Everton che si sentivano traditi per il passaggio al Manchester, e quindi le violente contestazioni, Rooney si è riuscito a concentrare al meglio, e in una stagione poco fortunata del Manchester è stato una delle poche note positive. In 29 partite è andato a segno 11 volte, ma solo in 24 partite è partito titolare.Finalmente col Manchester ha potuto giocare anche in Champions League, dove nelle 6 partite giocate ha segnato 3 gol, tutti nel suo debutto contro il Fenerbahçe.Alla fine della stagione 2005-2006 in 36 presenze segna ben 16 volte in premier League, però solo un gol in champions League.Il 29 aprile 2006 si frattura un piede nella partita contro il Chelsea mettendo a rischio la propria partecipazione al campionato del mondo 2006, salvo poi recuperare grazie a una repentina riabilitazione.Nella stagione successiva Rooney contribuisce con 14 reti alla conquista del sedicesimo titolo inglese del Manchester United, il primo del giovane talento.Nella prima partita della stagione 2007-08 si frattura di nuovo il piede destro. Rientrato in campo, è protagonista insieme a Cristiano Ronaldo dell'ottima annata dei Red Devils, che vincono il campionato inglese e la UEFA Champions League 2007-2008. Alla fine della stagione i gol saranno 18, di cui 12 in campionato in 24 presenze. Nel dicembre 2008, nella Coppa del Mondo per club FIFA 2008 vinta dal Manchester United, Rooney riesce a segnare tre gol: i primi due nella semifinale contro i giapponesi del Gamba Osaka (battuto 5-3) e il terzo, decisivo, nella finale contro gli ecuadoriani della LDU Quito.